1960年9月1日，《自由中国》出版第23卷第5 期，殷海光执笔社论《大江东流挡不住》。三天后，蒋介石再也无法忍受异端的言论，终于下令逮捕《自由中国》第一发言人雷震。《自由中国》终于在发行了十年九个月又十天之后，宣告这份横跨整整五十年代的刊物解散停刊，自由主义的时代大旗愕然断杆。10月8日，雷震被以“知匪不报”和“连续以文字为有利于叛徒的宣传”等“莫须有”罪名，经国防部军法处审判，被军法判处有期徒刑十年。“雷震案”如同广岛、长崎的原子弹一样，迅速震惊台湾岛及国际社会。

　　开创《自由中国》时代

　　一九四九，天地玄黄。共产党在大陆势如破竹，国民党却兵败如山倒。国民党终于开始败逃，从南京撤至广州。一向支持国民政府的美国，也在“看破脚手”之后发表《对华白皮书》，准备放弃中华民国。亲近国民党的部分知识分子并未见风使舵，仍在为国民政府进行着补台工作。雷震等自由主义知识分子认为，如果不做改革，如果不实施民主宪政，就很难对抗共产党势力的步步逼近。他们认为，虽然中共已经横扫了长江以北的半壁江山，但有着长江这道天堑，中华民国仍有可为，完全可以再现中华历史上的“划江而治”；只要中共不会渡江南下，国民政府仍可在大江以南，成立真正实现民主自由的中华民国隔江而治。在内忧外患之下，一批知识分子为了帮助中华民国建立国际形象，希冀得到海外知识分子的帮助，透过他们的努力以建立中华民国的正统国际关系。一批自由主义知识分子为了拉拢海外知识分子的第三势力，同时辅以教育国内民众，了解真正的民主政治，以期改变一向被视为法西斯政府的中华民国政府形象。在家国板荡之际，胡适、雷震、王世杰、杭立武等中华民国知识分子意欲创办一份刊物，为大势已去的中华民国政府提供学术支持和舆论支持，以达到历史转机的到来。

　　事与愿违。胡适、雷震等人本来打算在上海或南京创刊，不料扼守江阴要塞的国民党将领被中共的金条所收买。在现实面前，“划江而治”的梦想终于夭折。中共渡江之时，国民党将领执行“不抵抗政策”，中共顺利南下。国民党只得向南败退，仓皇而逃，终于在年底撤至宝岛台湾。《自由中国》的刊物名字，仿效戴高乐的《自由法国》，设想成立自由中国大同盟。在孤岛之上，这本在创刊时就遭遇创伤的杂志终于在台北发出时代言论的致敬之声：宣扬自由民主，反对共产主义。

　　在创刊初期，雷震、傅斯年、陈雪屏、毛子水等聚餐商议出资五千新台币来试刊两期，并得到国民党政府的大力支持，蒋介石也答应予以支持。雷震再次跟进，通过蒋介石的关系得到了教育部的支持——提供办公场所，教育部长杭立武也答应每月提供五百美元的资金支持。这些资金赞助和政策支持，必然是因为《自由中国》初期办刊思想所带来的结果。在初期，《自由中国》以反共为主，内容主要集中批判苏俄共产主义世界政治，却并未直接检讨中华民国的自身政治，目的是为了团结自由派人士和反共立场的党派人士。所以，官兵写信给雷震，希望他每期寄来十册以飨之也就不难理解了。完全可以说，《自由中国》的创刊是雷震政治工作的延伸。

　　打开《自由中国》时代

　　《自由中国》初期的办刊理念及其立场，大抵也不过是宣传阵地而已。相对于大陆民国时代的《新青年》、《现代评论》、《新月》、《独立评论》、《观察》等自由派杂志，《自由中国》的自由程度远远小之又小。退居台湾之后的中华民国政府，正面临着战火未熄、内部不稳、国际孤立、经济困窘的现实状况，蒋介石在社会经济基础还不强大的情况之下，建立威权体制，通过强制性的政治整合维持秩序和稳定，以达到发展经济、促进社会进步的目的。这种威权体系，正如学者杭之所概括的那样，即“以蒋家为核心之统治权力机器，一方面以军事戒严、动员戡乱等为名之非常法制架构下，透过无所不在之特务、社会控制及意识形态来控制社会，另一方面则在垄断性之国家资本主义的物质基础上，透过前近代性格的保护主—侍从关系”。

　　一九五零年，韩战爆发了。国际环境的大变革，改变了中华民国政府的国际形象。内战后期美国对中华民国政府采取放弃态度，但在这个时代的际遇之下，美国改变对东北亚政策，派遣第七舰队，协防台湾，续订《中美共同防御协议》。正因为美国准备吃回头草的时候，中华民国政府与美国政府的关系再度好转，这就使得雷震等人创刊《自由中国》的思想理念提前到来，也就昭示着《自由中国》的使命宣告走向结束。宣传使命虽已结束，教育使命却没有终结。既然国际关系已然改善，那么《自由中国》的笔杆子也就随之转向检讨台湾内政，宣传真正的民主宪政理念，以期打开中华民国的政治想象。对于威权治下的言论刊物，毫无疑问地将会触碰政治禁忌。

　　台湾学者薛元化在其研究专著《〈自由中国〉与民主宪政——一九五零年代台湾思想史的一个考察》中，将这份始于1949年11月、终于1960年9月的《自由中国》杂志与国民党当局的互动关系分为五个阶段：“由密切交融而摩擦，进而形成彼此关系的紧张，由紧张而破裂，最后导致彼此对抗”。而雷震作为《自由中国》的“火车头”，无疑是最具影响力的至关人物。

　　创刊后的《自由中国》一度得到军方的订阅，这让《自由中国》一方面得到军方的订阅资金支持，另一方面也扩大了《自由中国》的影响力。一九五一年六月，《自由中国》第四卷第十一期，针对台湾保安司令部“有计划而大规模的诱人入罪的金融案”，本着实事求是的态度刊发了夏道平执笔的社论《政府不可诱民入罪》：“我们为着爱护政府，为着政府今后的威信，特在这里呼吁政府有关当局勇于检讨，勇于认错，勇于把这件事的真相明白公告出来，并给这次案件的设计者以严重的行政处分。”而在同期的《给读者的报告》中，也公开宣布了杂志的办刊理念：“我们作此社论时，便想到这篇文章或许会激起某些人的不满与愤怒，但我们又觉得忠言是舆论界的神圣使命，因此我们又无所惧的言其所欲”，希望“政府当局能有不以忠言为逆耳的雅量”。这篇社论无疑将会激起军方的反对态度。军方不仅停止了对《自由中国》的订阅，还准备逮捕《自由中国》的杂志编辑。台湾警备总司令彭孟缉不肯善罢罢休，扬言雷震毁掉了保卫司令部的威信，害得他“得罪了台湾人，今后台湾不可居”。 6月11日，雷震便发现，《自由中国》杂志社门口开始有武装特务站岗盯梢。后在吴国桢、黄少谷等人的干预之下，才迫使“特务狼狈而去”。当然，这次风波并未导致《自由中国》与国民党当局之间的摩擦冲突，不过是与政府机关之下的保安司令部发生了言论对峙。胡适虽然身在美国，但当他读到社论《政府不可诱民入罪》时，他致函雷震：“我看了此文，十分佩服，十分高兴。这篇文字有事实、有胆气，态度很严肃负责，用证据的方法也很细密，可以说是《自由中国》出版以来数一数二的好文字，够得上《自由中国》的招牌。”

　　但是，正当胡适为此大块拍案时，“忽然来了四卷十二期的《再论经济管制的措施》，这必是你们受了外界压迫之后被逼写出的赔罪道歉文字！……我因此细想，《自由中国》不能有言论自由，不能有用负责的态度批评实际政治，这是台湾政治的最大耻辱”。胡适也因此决定辞去《自由中国》杂志的发行人之衔，以表达自己的抗议；并在心中询问信函可否公开发表于《自由中国》。虽然事已平息，但雷震怒气未消，二话不说地将胡适的“抗议信”公开发表，再次引发更为激烈的冲突。陈布雷秘书萧自诚前往拜访编委罗鸿诏时，罗鸿诏质问：“胡先生函如不能发表，自由中国尚有言论自由乎？我们特为试验一下，现已试验完毕，即自由中国没有言论自由。”蒋经国大骂雷震“不是反共而是反动”，雷震被召至改造委员会，各路党魁要角要集中对雷震进行“公审”。但，雷震拒绝出席公审大会。于是，雷震连1952年元旦的总统府团拜都不前往参加。这次风波虽然几经周折，但《自由中国》的社会影响力却得到了极大的扩张。在好友的调解之下，本来应该被开除党籍的雷震，接受党内警告处分。